Stiftung
Rechtsträger der Historischen Kommission ist seit dem 28. November 1960 die seit dem 8. Juni 1999 um das Historische Kolleg erweiterte "Stiftung zur Förderung der Historischen Kommission bei der Bayerischen Akademie der Wissenschaften und des Historischen Kollegs".
Organe der Stiftung sind
der Vorstand, bestehend aus dem Präsidenten und Sekretar der Historischen Kommission sowie dem Vorsitzenden des Kuratoriums des Historischen Kollegs. Der Präsident der HiKo ist Vorsitzender der Stiftung, der Sekretar der HiKo deren Pfleger.
der Stiftungsrat, der aus je zwei Mitgliedern der HiKo und des Kuratoriums des Historischen Kollegs, dem Präsidenten der Bayerischen Akademie der Wissenschaften und einem Vertreter des Bayerischen Staatsministeriums für Wissenschaft und Kunst besteht. Er tritt mindestens einmal jährlich zusammen. Ihm obliegen die Überwachung und Einhaltung des Stiftungszwecks, die rechtliche und finanzielle Überprüfung der von der Historischen Kommission und vom Historischen Kolleg beschlossenen Haushaltsvoranschläge, die Beschlussfassung über deren Haushaltspläne sowie über die Jahres- und Vermögensrechnung der Stiftung sowie die Billigung von Rechtsgeschäften, die einer stiftungsaufsichtsrechtlichen Genehmigung bedürfen.